COVID-19 (COrona VIrus Disease-2019) Тема - 10

И у нас се надига, но не се огласява. Репродукт. число премина 1.

Кой е изчезнал - Sars-Cov-2, Covid?
На кой ли му хрумна да обявява край на пандемията точно преди есента и зимата и да остави Sars-Cov-2 да се развихри - май това ще бъде записано като едно най-глупавите неща и когато приключим с COVID, наистина трябва да направим нещо срещу пандемията от глупост, която беше оставена без контрол твърде дълго.
И както казва T.Ryan Gregory „Не знам кого е наел SARS-CoV-2 като лобист, но те са фантастични.„
Преди да разгледаме претоплената версия на идеята, че SARS-CoV-2 е изчерпал своето еволюционно(мутационно) пространство и "свърши", да погледнем второто правило на Оргел (което биолозите много харесват): „Еволюцията е по-умна от вас!“.
Ще станем свидели на исторически момент и нов етап от панденията – оставен опасен вирус и появили се множество варианти в борба за надмощие и „хостове”, зараждащи се в това време нови варианти, с потенциал. Дали ще е за добро или лошо - ще видим - вече сме на "първите редове".

Я вижте колко варианти са се нароили (ще бъде като „борба за тронове”):
Ryan Hisner с добро обощение за  растящите варианти в туита: https://twitter.com/LongDesertTrain/status/1574086873756180482  - за тези които се интересуват от вариантите.
https://threadreaderapp.com/thread/1574070401512128515.html - титър нишка на Tom Wenseleers от туита
„Стигнахме до точката, в която най-новите варианти са толкова добри в избягването на SARS-CoV-2-неутрализиращи антитела, колкото и SARS-CoV-1.”, както казва Yunlong Richard Cao
„Конвергентна еволюция на стероиди”, се и включва Marc Johnson предоставяйки своята прекрасна графика на вариантите (която се развива).

Англия, Дания, Белгия и т.н. вълната и борбата на варианти е започнала. Знаем къде ще го забележим до няколко седмици - Да - и при нас.

BQ.1(.1)  е вариант BA.5, който е прихванал три от най-мощните пикови мутации
BA.2.3.20, който нараства
Рекомбинантният XBB BA.2.75/BJ.1. Изглежда, че са взети най-добрите части от BA.2.75 (BM.1.1.1, за да бъдем конкретни) и BJ.1 – и двата страхотни варианта сами по себе си.

Който следи и Ерик Топол ще види, че и той туитва същото – що ли? Ами, може би има значение?

И един актуализиран списък с имена на тревожни варианти на Sars-Cov-2 предложена от T. Ryan Gregory (Докато СЗО не реши да възобнови задълженията си):
Разбира се има и други които „надигат глава” в този гостоприемен и отворен свят. За по-подробен, ежедневен изглед на текущата ситуация с варианти, вижте номенклатурата за вариантите https://cov-spectrum.org/collections/24 - може да си подредите вариантите по най-голям ръст.

Браво на учените. Много вирус, много нещо. И срещу цялата тая тумба смяташ, че ще те предпази кое/какво?

Избори идват. Не трябва да губим гласове.

Не успях да се ориентирам за вариантите и тежестта им в предишните постове. Сега кой е  новият, който идва към Европа или е в Европа и каква му е тежестта? Започнах да не разбирам всички тези букви, станаха ми много.

Анди, новите вируси са обект на наблюдение. Не може да се прогнозира кой от тях ще направи новата вълна. Още по-малко какви ще са проявите му. Несъмнено е, че ще е по-вирулентен и неподдаващ се на противодействието, на което разчитаме - естествен/ваксинален имунитет. Към момента репродуктивното число нараства с ВА5 (ако може да се вярва на рехавото секвениране).

Защо е несъмнено?

Notaris как кое – това което стана ясно, че действа от 2,5 г. и когато го прилагаме виждаме намаляване на случаите и подтискане на пандемията - изписали сме толкова много страници.
Второто правило на Оргел може да е : "Еволюцията е по-умна от вас.", но пък еволюцията не е по-умна от физиката. sars-cov-2 лесно мутира, за да избегне ваксини и моноклонални антитела, но не може да мутира, за да избегне добри маски (N95) - нуждаем се от висококачествени маски, филтриране на въздуха, ваксини, изолация, тестване, проследяване, вентилация и т.н.… през цялото време се е наричало моделът на швейцарското сирене!

Сигурно Notaris ще пише, че няма никакви(или почти никакви) прогнози за бъдещите варианти и тяхното въздействие и всичко в момента е „бля-бля-бля-бля”. НО откриването,наблюдението, секвенирането и споменаването на вариантите, които привличат най-голямо внимание в момента, и това, че знаем за тях и техния потенциал, вече е победа. Повече данни в следващите дни/седмици ще изяснят допълнително картината. Първоначалната цел не е да се опитаме да направим конкретни прогнози за конкретни варианти - ясно е, че трябва да изчакаме повече данни за това. Това е да се повиши осведомеността за ситуация, която е много възможна тази есен/зима, независимо от спецификата. Прогнозирането е наистина трудно. Опитваме се да го направим за грипа, за който знаем много повече и е относително по -„предвидим“, от години и далеч не сме перфектни в това. За нещо като Sars-Cov-2 с толкова много неизвестни става още по-трудно.

Andariel както казва Notaris  – цяла „тумба” варианти. Появили са се доста, които са притеснителни с многото си мутации насочени (поне за момента) към избягване на имунитета. Sars-cov-2 мутира на места, за които смятахме, че не може, така че още по-малко цели за бъдещи ваксини/лечения.
За тежестта никой не смее да прогнозира точно, но някой споменават с половин уста че ще бъдем свидетели на подобни вълни които се случиха тази година, други дори че инфекциите ще достигнат нов връх, който е значително по-висок от предишните рекорди и добавят че въпреки това, въпреки че броят на случаите може да достигне нови върхове, сериозното заболяване няма вероятност да се доближи до предишните върхове (поне засега). Други споделят подобно - че има набор от възможности от безшумна до подобна на BA.1/2/5 вълна - която най-вероятно ще варира много между страните въз основа на предишна експозиция (както направи BA.5) с някои държави, които имат драматична вълна, други много по-малко.
Германският вирусолог Кристиан Дростен очаква силна Covid вълна. Той вярва, че много хора ще се заразят, но малко ще умрат.

Възможно е рискът от тежко заболяване или смърт да е по-нисък на база инфекция с омикрон благодарение на ваксини и/или имунитет поради предишна инфекция. Това е така, защото тежестта на инфекция представлява само половината от уравнението. Другият основен фактор е броят на инфекциите. Вариантите на омикрон могат да избягат от имунитета, предишният имунитет отслабва и повторните инфекции стават все по-чести.
И всичко това се занимава само с въздействието на остра инфекция. Дългият ковид остава основен риск, дори при лека първоначална инфекция. Всяка повторна инфекция добавя към общия риск (дори ако относителният риск е по-нисък за всяка повторна инфекция, общият риск е по-висок с повече инфекции), т.е. с нарастването на повторните инфекции расте и рискът ни от Long Covid. Да не говорим за множеството прекъсвания/отсъствия които ще се получат във всички сфери на живота.

Колко далеч сме от Вариант с големи (тежки) последици (Variant of High Consequence (VOHC) в острата, първоначална фаза на заболяването? Все още не сме стигнали до там, но трябва да го планираме сега! Защо сега? Когато множество варианти на безпокойство (семейство от подварианти BA.2) са в активна/конкурентна циркулация, трябва да започнете да планирате VOHC, казват епидемиолозите.
Въпреки това последиците в дългострочен период са налице - Covid е заболяване което може да засегне множество системи в човешкото тяло и да доведе до продължително заболяване в дългосрочен план.

Новите подварианти с потенциал за нова есенно-зимна силна вълна са BQ.1*, BA.2.3.20 и BA.2.75.2 , те имат ръст напоследък и се наблюдават.

Добра визуализация на ръста от Tom Wenseleers , доста активен ковид анализатор, показваща по-ранната вълна Omicron BA.4/5 и прогноза за траекторията на тези 3 нови линии. Тъй като все още не всички три линии са секвенирани във всички страни, може да се окаже, че в крайна сметка ще победи само най-подходящата от тези три линии:

От същия анализатор визуализация на всички вълни до момента с малка прогноза:

За първи път в България е установен подвариант на Омикрон ВА.2.75. В НЦЗПБ чрез целогеномно секвениране от ново поколение успешно бяха анализирани 82 клинични проби със SARS-CoV-2. Пробите са взети от пациенти с COVID-19 в периода 02.08-02.09.2022 г. и са изпратени от 17 различни лечебни заведения от 16 области на страната. За първи път в България е установен подвариант на Омикрон ВА.2.75 (подвариант на линията BA.2), който изглежда, че се разпространява по-бързо от подвариант BA.5. Световната здравна организация (СЗО) класифицира BA.2.75 като вариант на тревожност под наблюдение - variant of concern lineages under monitoring (VOC-LUM). При всички 82 клинични проби е установен вирусен вариант Омикрон. Съотношението на подвариантите на Омикрон е както следва: BA.2.75 (2.4%), BA.4.x (3.7%), BA.5.x (72.0%) и BE.x/BF.x, които са подвариант на BA.5 (22.0%).Окончателният анализ за дефиниране на вирусните варианти е извършен с помощта на програма Pangolin COVID-19 Lineage Assigner v4.1.1. https://www.ncipd.org/index.php?option=com_k2&view=item& … 92022&lang=bg

Гледам че има някакъв BQ, той по-различен ли е, буквите и версиите какво значат? И въпросът ми зад този е изкаран вирус сега значи ли ваканция от вируса за 3-6 месеца, т.е. през цялата зима, както бе с всички други до сега, или тези буквички са съвсем различни и с нулев имунитет към тях. Щото на мен сега ми се струва добро време за боледуване, че да се фокусираме зимата върху грипа.

За BQ писа в Twitter един професор от Кеймбридж тези дни. Отбеляза, че е много нов и все още непроучен вариант, секвениран е в Англия преди около 9-10 дена. Засега това, което се вижда, е, че случаите с него нарастват много бързо.

общото между всички нови подварианти, които изникват на хоризонта, е конвергентната еволюция (процес на независимо развитие на сходни белези у неродствени организми) - установени са сходни мутации в подварианти, произхождащи от различни корени на Омикрон, несвързани помежду си, като мутациите са точно в секторите на спайка, избягващи най-много предходен имунитет

дали сегашно заболяване би предпазило някого в следващите месеци е въпрос без сигурен отговор, например Бурла, CEO-то на Pfizer, в събота съобщи, че е повторно заразен, след като средата на август беше положителен за първи път (не си е слагал от новата им бивалентна ваксина, следвайки препоръката на CDC да се чака три месеца след боледуване)

ето какво представлява нагледно конвергенцията и как се стига до крайните букви на новите подварианти

Преди Ковид бабите и дядовците не умираха от въпросните сополи. В момента все още възрастни хора умират от Ковид.
Ама явно възрастните са ви длъжни, пък който оцелее.

Как не са умирали от сополи преди ковид старите хора? Преди 7-8 години дъщеря ми беше с лека хрема за ден-два и нищо друго. По това време бяхме на гости на майка ми. Тя така се тръшна, че едва я спасиха.